Gendun Drub (1391-1474), que recebeu postumamente o título de Primeiro Dalai Lama, encontrou Je Tsongkhapa quando tinha vinte anos de idade e tornou-se um de seus principais discípulos. Gendun Drub era um praticante espiritual muito puro e muito conhecido por combinar estudo e prática. Passou mais de vinte anos fazendo um retiro de meditação.
Embora fosse um dos mais jovens discípulos de Je Tsongkhapa, Gendun Drub tornou-se um dos mais fortes detentores da Tradição Gelug. Com grande energia, habilidade organizacional e capacidade de liderança, ele estabeleceu o famoso monastério de Tashi Lhunpo – a futura sede da linhagem dos Panchen Lamas. Gendun Drub trabalhou dessa e de muitas outras maneiras diferentes para assegurar o futuro da Tradição Ganden. Ele morreu aos 84 anos de idade, sentado em meditação.
Gendun Gyatso (1475-1542), cujo reconhecimento como o Segundo Dalai Lama também foi póstumo, passou toda sua vida dedicado a sustentar e a espalhar a tradição de Je Tsongkhapa. Em 1512, ele se tornou abade do Monastério Tashi Lhunpo; em 1517 ele se tornou abade do Monastério Drepung; e em 1525 se tornou abade do Monastério Sera. Enquanto estava no Monastério Drepung, ele construiu uma residência chamada de Ganden Phodrang, também conhecida de Residência de Baixo, que se tornou a principal residência dos dalai lamas até a época do Quinto Dalai Lama. Tendo disseminado os ensinamentos de Je Tsongkhapa no Tibete central, ele morreu em Drepung após uma breve enfermidade.
Depois que Gendun Gyatso morreu, os lamas mais elevados de Drepung começaram a procurar por sua reencarnação. Eles encontraram um jovem garoto que foi chamado de
Sonam Gyatso (1543-1588). Ele se tornou muito respeitado não somente como grande erudito e meditador, mas também como mediador capaz de restaurar a paz entre facções das Tradições Gelug e Kagyu que estavam se enfrentando naquela época. Como seu predecessor, ele também foi altamente respeitado por seus companheiros monges e foi assim eleito abade de ambos os monastérios de Drepung e Sera. Sua fama finalmente chegou até a Mongólia e em especial até Altan Khan – o líder dos mongóis e o bisneto de Dayan Khan, um descendente de Kublai Khan. Aceitando os convites de Altan Khan, Sonam Gyatso visitou a Mongólia em 1578. Ao ouvir os ensinamentos de Sonam Gyatso, Altan Khan converteu-se ao budismo. Durante sua visita de três anos, Sonam Gyatso deu os ensinamentos de Je Tsongkhapa na Mongólia, ordenou milhares de mongóis e acabou com o sacrifício animal e com outras práticas desumanas que existiam naquele país. Altan Khan concedeu a Sonam Gyatso o título de Dalai Lama, sendo dalai a palavra mongol para oceano, indicando que as qualidades de Sonam Gyatso eram tão extensas como o oceano. Dessa maneira, Sonam Gyatso se tornou conhecido como Dalai Lama, tendo suas encarnações anteriores recebido o título póstumo. O Quarto Dalai Lama,
Yonten Gyatso (1589-1616), é um caso à parte, tendo sido o único dalai lama mongol, o neto de Altan Khan. Assistentes do último Dalai Lama, bem como representantes dos três grandes monastérios gelugpa – Drepung, Sera e Ganden – viajaram à Mongólia para confirmar a reencarnação. Com doze anos de idade, Yonten Gyatso mudou-se para Drepung para receber treinamento religioso e aos dezenove anos de idade foi colocado no trono do Ganden Phodrang no monastério Drepung. Yonten Gyatso mais tarde se tornou o abade do monastério Drepung e depois do Monastério Sera, mas somente por um breve período. Ele morreu em 1616, com somente vinte e sete anos de idade.
Até essa época, o conceito de um dalai lama com autoridade política e até religiosa suprema sobre todo o Tibete não existia. Os primeiros três dalai lamas foram tidos em alta estima como puros praticantes espirituais. A fama do Terceiro espalhou-se por toda a Mongólia e ele recebeu o título honorífico mongol, bem como a proteção de uma poderosa força militar. Mas não existia Rei- Deus, ninguém corporificava a união do poder político e religioso nesse período dos primeiros dalai lamas. Não havia nenhuma instituição do Dalai Lama: eles eram comumente conhecidos como as reencarnações da residência inferior e vistos como a linhagem dos famosos lamas gelugpas reencarnados de Drepung, os quais haviam simplesmente recebido um título adicional dos benfeitores mongóis.
Através de suas atividades de ensinar e de espalhar a tradição de Je Tsongkhapa e de suas vidas exemplares de pura prática espiritual e disciplina moral, os primeiros quatro dalai lamas cumpriram sua responsabilidade principal de sustentar os ensinamentos da Tradição Ganden.
Inicialmente a Tradição Ganden não estava misturada com a política tibetana, mas posteriormente essa tradição deu origem a alguns dos lamas mais politizados na história tibetana: o Quinto, o Décimo Terceiro e o Décimo Quarto Dalai Lamas. John Powers, em sua Introdução ao Budismo Tibetano, constata:
(…) a fortuna da ordem gelugpa cresceu rapidamente, principalmente porque ela continuou a produzir um impressionante número de eminentes eruditos e praticantes tântricos. Outro fator determinante do seu sucesso foi sua relutância inicial em se envolver com a política tibetana. Pelo contrário, por muitos séculos depois da morte de Je Tsongkhapa, a ordem gelugpa foi principalmente conhecida por sua firme manutenção da disciplina monástica, por seus eruditos realizados e por intenso treinamento meditativo.
Sem sombra de dúvidas, esse distanciamento político não duraria por muitos anos.